Шавлинские озёра — популярный туристический объект, цель пешеходных и конных маршрутов, организуемых туристическими компаниями Горно-Алтайска, Бийска, Барнаула и других городов. Отправной точкой маршрута традиционно является посёлок Чибит, расположенный на Чуйском тракте. Отсюда тропа сперва поднимается на плато Ештыкол (через перевал Орой, высота ок. 2200 м), затем спускается в долину реки Шавлы. Дальнейший подъём идёт по правому (восточному) берегу реки Шавлы мимо нижнего Шавлинского к среднему Шавлинскому озеру. Общая протяжённость маршрута (туда и обратно) составляет около 70 километров. Участок тропы к верхнему озеру для лошадей непроходим, поэтому в составе конных туров часто устраиваются однодневные радиальные выходы на верхнее озеро, базовый лагерь традиционно организуется на среднем.

Шавлинские озёра часто посещаются туристами и в составе более сложных туристических маршрутов. От нижнего озера вдоль левого притока Шавлы (в некоторых источниках — р. Левая Шавла) тропа ведёт на перевал Куранду, в долину реки Куранду, правого притока Юнгура. От верхнего озера тропа ведёт через перевал к подножью горы Маашей и истокам ручья Маашей, впадающего в Чую. Верхнее озеро лежит у подножья главной гряды Северо-Чуйского хребта с вершинами Мечта, Сказка и Красавица (высота до 3700 метров), каждая из которых имеет постоянное оледенение и достаточно сложна для восхождения.

Природа Шавлинских озёр традиционна для этого региона. На открытых пространствах лес отсутствует или редок, преобладает лиственница, местами встречается кедр. В защищённых горами котловинах (включая восточный берег среднего Шавлинского озера) лес густой, с богатым подлеском, встречаются черника и брусника. Из фауны можно отметить большое количество бурундуков, в камнях выше границы леса распространена пищуха.